2015年12月30日 国务院印发的《关于加快推进重要产品追溯体系建设的意见》明确要求以落实企业追溯管理责任为基础，强化企业主体责任，建设来源可查、去向可追、责任可究的重要产品追溯体系。而现行的药品电子监管码制度主要是靠食品药品监管部门推动。今后，药品追溯体系建设将由企业为主，监管部门只负责给予必要指导。

2016年1月26日上午，湖南养天和大药房企业集团有限公司一纸诉状投至北京市第一中级人民法院，其同时在北京召开新闻发布会，通告起诉国家食品药品监督管理总局。

起诉书称，请求确认被告国家食药监总局强制推行电子监管码的行政行为违法；请求判令国家食药总局立即停止违法行为；对被告国家食药监总局所制定的《药品经营质量管理规范》中的多个条款进行合法性审查。 

2016年2月20日，国家食药监总局在其官网上发文，宣布暂停执行药品电子监管码。与此同时，国家食药总局已就药品经营质量管理规范中删除“药品电子监管码”相关内容，改为新增“建立药品追溯制度”向社会征求意见。

2016年4月28日，国家食药监总局下发了《关于进一步完善食品药品追溯体系的意见(征求意见稿)》。意见指出，食品药品追溯体系是食品药品质量管理体系的重要组成部分。建立食品药品追溯体系是企业的主体责任。

2017年1月24日国务院办公厅和商务部分别下发了《国务院办公厅关于进一步改革完善药品生产流通使用政策的若干意见》（国办发〔2017〕13号）、《商务部等七部委关于推进重要产品信息化追溯体系建设的指导意见》（商秩发〔2017〕53号）。在《药品经营质量管理规范》修订草案指出，药品经营企业应当按照国家有关要求建立药品追溯制度，实现药品来源可查、去向可追、责任可究。同时，企业应当建立能够符合经营全过程管理及质量控制要求的计算机系统，实现药品质量可追溯。“可以看出，下一步，药品追溯体系将替代电子监管码，承担起对药品监管的职责。”